Cando a comezos da década dos noventa a Universidade de Vigo se beneficiou da expropiación dos terreos de A Xunqueira para novas instalacións universitarias pechábase un ciclo e á vez se abría unha nova etapa marcada pola consolidación e proxección de futuro dun novo espazo educativo universitario, conformado coa denominación de Campus de Pontevedra.
Así, deste xeito, centros como a Escola Universitaria do Profesorado de EXB de Pontevedra, ata esta data integrada na Universidade de Santiago, comezarían este novo rumbo caracterizado por manter as mesmas estructuras que xa posuían, e implementando un novo plan de estudos no curso 1993-1994, composto polas especialidades de Educación Física, Educación Musical, Educación Primaria e Educación Infantil, que viñan a reafirmar o compromiso que por parte da Escola de Maxisterio tomara de cara a unha formación do alumnado cada vez máis integral e acomodada ás novas esixencias que a sociedade e o mercado laboral demandaban.
Coa consolidación deste novo plan de estudios emerxe a oportunidade e a conveniencia da creación da Facultade de Ciencias da Educación, integrada polas Diplomaturas de Maxisterio (con catro especialidades) e a Licenciatura de Ciencias da Actividade Física e o Deporte. Esta nova etapa, xa como Facultade, iníciase no ano 1998, sendo decano comisario por esta época Pedro Figueroa Dorrego, confirmándose a relevancia deste novo centro dentro do entramado social, cultural e académico de Pontevedra. Posteriormente e unha vez consolidadas as bases da Facultade, créase o órgano directivo da mesma, que estaría presidido por María Luisa Alonso Escontrela como decana do Centro.
O 26 de febreiro de 2006 foi publicado no Diario Oficial de Galicia a ampliación do nome da Facultade, pasando a denominarse Facultade de Ciencias da Educación e do Deporte. Este mesmo ano foi elixido como decano o profesor José Mª Cancela Carral, ocupando o cargo ata 2010. Dende ese ano ata 2015 foi decana a profesora Francisca Fariña Rivera, sendo sucedida polo profesor Vicente Romo Pérez ata 2021. O actual decano do centro é o profesor Óscar García García.
Nos últimos anos levouse a cabo a adaptación dos títulos impartidos na facultade ao Espazo Europeo de Educación Superior. Na actualidade se imparten no centro os Graos en Educación Infantil, Educación Primaria e Ciencias da Actividade Física e do Deporte. A oferta actual de titulacións complétase con catro mestrados e tres doutoramentos.