Cuando a comienzos de la década de los noventa la Universidad de Vigo se benefició de la expropiación de los terrenos de A Xunqueira para nuevas instalaciones universitarias se cerraba un ciclo y a la vez se abría una nueva etapa marcada por la consolidación y proyección de futuro de un nuevo espacio educativo universitario, conformado con la denominación de Campus de Pontevedra.
Así, de este modo, centros como la Escuela Universitaria del Profesorado de EXB de Pontevedra, hasta esta fecha integrada en la Universidad de Santiago, comenzarían este nuevo rumbo caracterizado por mantener las mismas estructuras que ya poseían, e implementando un nuevo plan de estudios en el curso 1993-1994, compuesto por las especialidades de Educación Física, Educación Musical, Educación Primaria y Educación Infantil, que venían a reafirmar el compromiso que por parte de la Escuela de Magisterio había tomado de cara a una formación del alumnado cada vez más integral y acomodada a las nuevas exigencias que la sociedad y el mercado laboral demandaban.
Con la consolidación de este nuevo plan de estudios emerge la oportunidad y la conveniencia de la creación de la Facultad de Ciencias de la Educación, integrada por las Diplomaturas de Magisterio (con cuatro especialidades) y la Licenciatura de Ciencias de la Actividad Física y el Deporte. Esta nueva etapa, ya como Facultad, se inicia en el año 1998, siendo decano comisario por esta época Pedro Figueroa Dorrego, confirmándose la relevancia de este nuevo centro dentro del entramado social, cultural y académico de Pontevedra. Posteriormente y una vez consolidadas las bases de la Facultad, se crea el órgano directivo de la misma, que estaría presidido por María Luisa Alonso Escontrela como decana del Centro.
El 26 de febrero de 2006 fue publicado en el Diario Oficial de Galicia la ampliación del nombre de la Facultad, pasando a denominarse Facultad de Ciencias de la Educación y del Deporte. Este mismo año fue elegido como decano el profesor José Mª Cancela Carral, ocupando el cargo hasta 2010. Desde ese año hasta 2015 fue decana la profesora Francisca Fariña Rivera, siendo sucedida por el profesor Vicente Romo Pérez hasta 2021. El actual decano del centro es el profesor Óscar García García.
En los últimos años se llevó a cabo a adaptación de los títulos impartidos en la facultad al Espacio Europeo de Educación Superior. En la actualidad se imparten en el centro los Grados en Educación Infantil, Educación Primaria y Ciencias de la Actividad Física y del Deporte. La oferta actual de titulaciones se completa con cuatro másteres y tres doctorados.